Retomando algumas semanas depois de onde Ben 10: Força Alienígena acaba, Ben 10: Supremacia Alienígena, Ben agora têm dezesseis anos de idade. O Omnitrix foi destruído e Ben precisa aprender a dominar os segredos do seu novo dispositivo de transformações extraterrestres Ultimatrix (Superomnitrix), uma versão nova do Omnitrix antigo que não só lhe dá acesso ao seu poder original, mas também lhe permite evoluir as seus alienígenas para versões Ultimate (Supremas)....